Akan tetapi, dalam pelaksanaannya belum dapat dijalankan secara murni dan konsekuen.

Hal ini dikarenakan bangsa Indonesia baru saja memproklamirkan kemerdekaannya.

Pada waktu itu, semua kekuatan negara difokuskan pada upaya mempertahankan kemerdekaan yang baru saja diraih dari rongrongan kekuatan asing yang ingin kembali menjajah Indonesia.

Pada periode ini, juga ditandai dengan munculnya gerakan-gerakan separatis dengan tujuan mendirikan negara baru yang memisahkan diri dari NKRI.

Adapun gerakangerakan tersebut di antaranya:

1) Pemberontakan Partai Komunis Indonesia (PKI) Madiun 1948.

2) Gerakan Darul Islam/Tentara Islam Indonesia (DI/TII) di Daerah Jawa Barat.

b. Periode 27 Desember 1949 sampai dengan 17 Agustus 1950.

Federalisme pernah diterapkan di Indonesia pada rentang 27 Desember 1949 sampai dengan 17 Agustus 1950. 

Pada masa ini dasar pegangan adalah Konstitusi Republik Indonesia Serikat tahun 1949.

Berdasarkan konstitusi tersebut, bentuk negara kita adalah serikat atau federasi dengan 15 negara bagian.

Pada masa Republik Indonesia Serikat juga terdapat gerakan-gerakan separatis yang terjadi beberapa wilayah Indonesia, di antaranya:

1) Gerakan Angkatan Perang Ratu Adil (APRA)

2) Pemberontakan Andi Azis di Makassar

3) Gerakan Republik Maluku Selatan (RMS)