Pada masa pemerintahan Presiden Megawati, Kwik Kian Gie ditempatkan kembali di kursi menteri sebagai Menteri Negara Perencanaan Pembangunan Nasional atau Ketua Bappenas periode 2001-2004.

• Kwik Kian Gie: Sejak Republik Ini Berdiri, Rupiah Itu Tidak Pernah Tidak Merosot

Selepas itu Kwik Kian Gie tak lagi terlibat dalam politik praktis, ia berkonsentrasi mengembangkan lembaga pendidikannya dan menjadi pengamat ekonomi dan rujukan politikus-politikus muda yang kritis atas kebijakan pemerintah,

Kwik Kian Gie juga pernah dianugerahi Bintang Mahaputra Adipradana Republik Indonesia adalah tanda untuk memberi kehormatan tinggi kepada mereka yang berjasa luar biasa guna keutuhan, kelangsungan dan kejayaan bangsa dan negara.

Pada tahun 2007, Kwik Kian Gie sempat diperiksa oleh Kejaksaan Tinggi Negara, pada saat itu Kejaksaan Tinggi Jakarta sedang menyidik kasus dugaan korupsi penggunaan dana hibah dari bank Dunia untuk program jaring pengaman sosial, dalam kasus ini diduga negara rugi sebesar Rp 1,8 miliar.

Dilansir dari Kompas 2 April 2013, Kwik Kian Gie juga pernah diperiksa dan dimintai keterangannya oleh Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) dalam rangka menyelidiki perkara Bantuan Likuiditas Bank Indonesia (BLBI). (TribunWow.com/Gigih Prayitno)